Монастырь Пантократор-Камарела относится к Священной митрополии Керкиры, Паксоса и Диапонтийских островов.
Керкирская митрополия — одна из древнейших епархий Элладской Православной Церкви. По преданию, первыми распространителями христианства на Керкире стали ученики апостола Павла апостолы от 70-ти Иасон и Сосипатр. Они построили церковь первомученика Стефана и обратили ко Христу дочь царя Керкилина святую Керкиру, принявшую мученическую кончину.
Керкирские епископы участвовали во Вселенском I Соборе (325), Вселенском IV Соборе (451) и Вселенском VII Соборе (787). В IX в. Керкирская епархия получила статус архиепископии, а в XI в. — митрополии. Первый архиепископ Арсений Керкирский прославлен в лике святых.
В юрисдикцию митрополии входят православные приходы и монастыри островов Керкира, Паксос и Диапонтийских островов.
В настоящее время митрополия управляется Высокопреосвященнейшим митрополитом Нектарием. По сложившейся традиции каждый год в канун праздника Преображения его Высокопреосвященство митрополит Нектарий возглавляет вечернее богослужение в честь престольного праздника обители.