Η ιστορία του μοναστηριού αρχίζει γύρω στη δεκαετία 1780 – 1790, όταν ο μοναχός Σωφρόνιος ήρθε στο νησί της Κέρκυρας. Έψαχνε ένα μέρος για μοναστική ζωή και περίμενε τον Κύριο να αποκαλύψει το θέλημά Του με τον ένα ή τον άλλο τρόπο – πού να ξεκινήσει ένα νέο μοναστήρι. Όταν βρήκε μια πηγή με νερό στο δάσος και στάθηκε για να προσευχηθεί, ο πατέρας Σωφρόνιος είδε τα ερείπια μιας παλιάς εκκλησίας εκεί κοντά ανάμεσα στις ελιές και, πιθανόν νιώθοντας εκείνη τη στιγμή μια κάποια κίνηση στην καρδιά του, το θεώρησε ως σημάδι άνωθεν και έμεινε για πάντα εδώ.

Τα πνευματικά κατορθώματα, η αδιάλειπτη προσευχή, η εργασία και η εγκράτεια μετέτρεψαν τον ασκητή σε εκλεκτό σκεύος του Αγίου Πνεύματος, το οποίο τον προίκισε με το χάρισμα της πρόνοιας, για το οποίο έχουν διασωθεί πολλές μαρτυρίες των συγχρόνων του. Γύρω στο 1810 το μοναστήρι έλαβε την επίσημη ιδιότητα του μοναστηριού και εγκαινιάστηκε προς τιμήν της Μεταμόρφωσης του Κυρίου από τον Μητροπολίτη Ιερόθεο (Σιγάλας), ο οποίος χειροτόνησε τον πατέρα Σωφρόνιο σε ιερομόναχο. Το πρώτο στήριγμα του πατέρα Σωφρονίου ήταν η ίδια του η αδελφή, η οποία πήρε τη μοναστική αμνηστία με το όνομα Πελαγία και έγινε ηγουμένη της μονής. Μετά από αυτήν, ήρθαν και άλλες μοναχές στο μοναστήρι. Αρχικά ζούσαν και προσεύχονταν σε σκάμματα – τα περισσότερα κτίρια της μονής χτίστηκαν στα τέλη του 19ου και τον 20ό αιώνα (εκτός από την παλιά μισοκατεστραμμένη εκκλησία του 16ου αιώνα, την οποία είχε δει κάποτε ο γέροντας Σωφρόνιος).

Κατά τη διάρκεια των σκληρών χρόνων πείνας του πολέμου και των μεταπολεμικών χρόνων, οι αδελφές του μοναστηριού όχι μόνο συντηρούσαν το μοναστήρι τους, αλλά βοηθούσαν και τους φτωχούς ανθρώπους των γύρω χωριών και μοιράζονταν μαζί τους το λιγοστό φαγητό τους. Κάποιοι ηλικιωμένοι ντόπιοι θυμούνται ακόμη αυτή την εποχή.

Καθ’ όλη τη διάρκεια της ιστορίας του μοναστηριού, η μοναστική ζωή δεν έχει διακοπεί ποτέ. Είθε ο Θεός να δώσει να μην σβήσει το πνευματικό φως της προσευχής, της πίστης και της αγάπης σε αυτόν τον ευλογημένο τόπο!